第十二条：设立宗教院校，应当由全国性宗教团体向国务院宗教事务部门提出申请，或者由省、自治区、直辖市宗教团体向拟设立的宗教院校所在地的省、自治区、直辖市人民政府宗教事务部门提出申请。省、自治区、直辖市人民政府宗教事务部门应当自收到申请之日起30日内提出意见，报国务院宗教事务部门审批。

国务院宗教事务部门应当自收到全国性宗教团体的申请或者省、自治区、直辖市人民政府宗教事务部门报送的材料之日起60日内，作出批准或者不予批准的决定。

本条是关于宗教院校审批权限和程序的规定。

关于审批权限。本条明确规定，设立宗教院校的审批权在国务院宗教事务部门，即国家宗教事务局。省、自治区、直辖市人民政府宗教事务部门对本省、自治区、直辖市宗教团体申请设立宗教院校有初审权。因为设立宗教院校，涉及土地、规划、建设等部门，省、自治区、直辖市人民政府宗教事务部门初审时，应当征询同级人民政府有关部门意见。

关于审批程序。全国性宗教团体申请设立宗教院校的，直接向国务院宗教事务部门提出申请，国务院宗教事务部门予以审批；省、自治区、直辖市宗教团体申请设立宗教院校的，不能直接向国务院宗教事务部门申请，应向所在地省、自治区、直辖市人民政府宗教事务部门提出申请，省、自治区、直辖市人民政府宗教事务部门提出意见后，报国务院宗教事务部门审批。

关于审批期限。省、自治区、直辖市人民政府宗教事务部门的初审期限是30 日，国务院宗教事务部门的审批期限是60日。这两个期限比行政许可法规定的一般情况下审批期限略有延长，但也是符合行政许可法精神的。《中华人民共和国行政许可法》第四十二条规定：“除可以当场作出行政许可决定的外，行政机关应当自受理行政许可申请之日起二十日内作出行政许可决定。二十日内不能作出决定的，经本行政机关负责人批准，可以延长十日，并应当将延长期限的理由告知申请人。但是，法律、法规另有规定的，依照其规定。”第四十三条规定：“依法应当先经下级行政机关审查后报上级行政机关决定的行政许可，下级行政机关应当自其受理行政许可申请之日起二十日内审查完毕。但是，法律、法规另有规定的，依照其规定。”批准设立宗教院校是一项较为重要的行政许可事项，需要对申请人的各方面条件进行审查，并多方论证，因而本条例对该项行政许可的初审和审批期限适当予以延长。