第十一条：宗教院校由全国性宗教团体或者省、自治区、直辖市宗教团体设立。其他任何组织或者个人不得设立宗教院校。

本条是关于申请设立宗教院校的主体的规定。

按照宪法规定，我国实行教育与宗教相分离的原则，在国民教育学校及其他教育机构不得开展宗教教育。但宗教界内部实施宗教教育，培养宗教教职人员，是其合法权益，应当予以保护和支持。由于宗教院校教育未纳入国民教育体系，《中华人民共和国教育法》第八十四条第二款规定：“宗教学校教育由国务院另行规定。”据此，本条例对宗教院校作了特别规定。

本条所称宗教院校，是指宗教团体举办的培养宗教教职人员和宗教方面其他专门人才的全日制教育机构。

本条明确规定，设立宗教院校的主体是全国性宗教团体和省、自治区、直辖市的宗教团体。此外的任何组织或者个人不得设立宗教院校。

省、自治区、直辖市以下的宗教团体，以及宗教活动场所不具备设立宗教院校的资格，不能设立宗教院校。这样规定是因为全国性宗教团体和省、自治区、直辖市宗教团体较省、自治区、直辖市以下的宗教团体以及宗教活动场所，在举办宗教院校方面，具备更好的条件，可以集中全国或全省、自治区、直辖市宗教团体的财力和师资人才，保证办学质量。

非宗教性质的组织如企业和社会组织等，以及个人包括宗教教职人员禁止举办宗教院校。